Terinspirasi oleh apa yang dipesankan oleh Ki Hadjar Dewantara, yaitu “Pendidikan ada karena ada manusia dan manusia berguna untuk prikehidupan”, maka maksud dan tujuan dari pendirian Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan ingin memberikan peluang kepada masyarakat Indonesia untuk mendapatkan pendidikan khususnya yang berkaitan dengan pengelolaan sumberdaya perairan dan perikanan.  Potensi sumberdaya perairan dan sumberdaya ikan di Indonesia dan di Madura pada khususnya sebagai karunia dari Allah Swt sangatlah besar yang seharusnya dimaknai sebagai modal pembangunan yang berimplikasi terhadap perlunya keberlanjutan keberadaannya.  Oleh karena itu, diperlukan manusia-manusia yang bijak untuk mengelolanya sehingga akan terlahir sarjana-sarjana Indonesia yang bisa bersyukur terhadap nikmatNya, manusia seperti yang dikendaki olehNya, yaitu manusia yang membawa kemaslahatan di muka bumi.

Melalui Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan diharapkan dapat terlihat proses memanusiakan manusia melalui kompetensi pengelolaan sumberdaya perairan dan perikanan.  Semua kehidupan tidak terkecuali manusia pasti membutuhkan air dan adanya kecenderungan perubahan pola kehidupan masyarakat dunia yang tadinya lebih memilih mengkonsumsi daging hewan terestrial beralih untuk mengkonsumsi daging ikan dengan pertimbangan kesehatan dan peningkatan intelegensi diri lebih memberikan motivasi bagi kami untuk mendidik anak bangsa di bidang tersebut.  Tentunya semua modal itu ditunjang juga oleh keinginan dari Universitas Trunojoyo Madura yang selalu mendukung dan mempersiapkan sarana dan prasarananya sudah melengkapi untuk mewujudkan cita-cita yang diharapkan.