Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan Universitas Trunojoyo dibuka atas dasar pertimbangan bahwasanya wilayah Jawa Timur pada umumnya dan wilayah Madura pada khususnya memiliki potensi perikanan yang cukup besar untuk dikembangkan. Dipilihnya Manajemen Sumberdaya Perairan agar nantinya lulusan yang dihasilkan memiliki kompetensi keilmuan manajeman sumberdaya perikanan dan kelautan yang berbeda dengan lainnya dari universitas lainya. Jurusan MSP merupakan salah satu dari 5 jurusan yang ada di Fakultas Pertanian Universitas Trunojoyo, yang didirikan pada tahun 2001. Program Studi MSP berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No.66/KPT/ /I/2016.