1. Labotorium Lingkungan Perairan

2. Laboratorium Pengelolaan Sumberdaya Perikanan

3.Laboratorium Komputasi Kelautan-Perikanan

4. Laboratorium Bioteknologi

5. Laboratorium Biologi Laut

6. Laboratorium Oceanografi

Sarana dan Prasara

Lahan

Lahan yang dimiliki Universitas Trunojoyo Madura 309.026 m2 atau 30,1 ha. Lahan ini bersertifikat atas kepemilikan rektorat dengan nomer sertifikat 4549 dan 4550 seluas 27,4 ha dengan pemakaian 1,1 ha sehingga rasio pemakaiannnya 23,93%. Sedanghan lahan dengan sertifikat kepemilikan rektorat yang dilimpahkan dari pihak yayasan dan dalam proses  balik nama menjadi pemerintah RI seluas 3,5 ha dengan pemakaian lahan 0,14 ha sehingga rasio pemakaian 25,13%.

Ruang Kuliah/kelas, Diskusi, Seminar

Saat ini perkuliahan dilaksanakan di RKB D, tersedia 16 ruang kuliah yang diperuntukkan bagi semua program studi di Fakultas Pertanian yaitu D103, D104, D106, D107, D108, D 201, D 203, D 204, D 206, D207, D208, D 303, D 306, dan D 308.  Masing-masing ruang kuliah mampu menampung 50 mahasiswa.  Di samping itu, tersedia pula 3 ruang yang digunakan untuk seminar proposal, seminar hasil, ujian PKL dan Ujian Skripsi (ruang D304, D305, D307).  Tersedia pula ruang seminar besar yang mampu menampung 400 peserta (Gedung Cakra); ruang seminar sedang  yang mampu menampung 150–200 peserta, (Auditorium), dan ruang seminar kecil, yang mampu menampung 100 peserta, yaitu di Aula Gedung Graha Utama Lantai 10.

Perpustakaan dan ruang baca

Perpustakaan Universitas Trunojoyo Madura berapa di gedung Cakra lantai 2 dan 3, Gedung ini bersertifikat no 648.1/85/433.303/2012. Luas gedung perpustakaan 7.056 m2 yang mampu menampung 100 pengunjung. Selain itu juga ditunjang dengan ruang baca pada masing-masing Fakultas. Ruang baca Fakultas Pertanian berada di Gedung RKBD ruang D105. Gedung ini bersertifikat no 648.1/541/433.303/2011. Ruang baca berisi buku yang dapat menunjang kebutuhan literature bagi seluruh mahasiswa Fakultas Pertanian.  Penempatab ruang baca, sengaja berada dekat dengan ruang perkuliahan Fakultas Pertanian untuk memudahkan mahasiswa jika ingin mencari literatur pendukung dan sebagai tempat menunggu jam perkuliahan berikutnya, sehingga waktu tunggu bisa menjadi lebih bermanfaat.  Ruang baca Fakultas Pertanian selain fungsi utamanya sebagai tempat membaca, juga sebagai tempat sirkulasi pelayanan hasil penelitian, multimedia, dan penunjang lainnya.  Saat ini ruang baca dimanfaatkan untuk menyimpan koleksi buku, hasil penelitian, jurnal ilmiah, bahan ajar, dan referensi lainnya.  Ruang baca Fakultas Pertanian sudah memiliki lebih dari 1500 judul buku, baik buku untuk Mata Kuliah Pengembangan Kepribadian (MPK) maupun Mata Kuliah Ketrampilan (MPK).

Laboratorium

Laboratorium yang ada yang berkaitan dengan keilmuan program studi adalah (1) Laboratorium Ilmu Kelautan untuk praktik yang berkaitan langsung dengan Biologi dan ekologi Laut. Laboratorium ini seluas 114 m2 yang mampu menampung 80 mahasiswa dan berada di Gedung Fakultas Pertanian Lama. (2) Laboratorium Oseanografi dan Pesisir untuk praktik mengenai oseanografi baik fisika ataupun kimia. Laboratorium ini seluas 154 m2 yang mampu menampung 80 mahasiswa dan berada di gedung Fakultas Pertanian Lama. (3)Laboratorium Komputer yang digunakan untuk pembelajaran/praktik penginderaan jauh, sistem informasi geografis dan pemetaan. Laboratorium ini seluas 280 m2 yang mampu menampung 100 mahasiswa dan berada di gedung Fakultas Pertanian lama. (4)Laboratorium dasar untuk praktik IPA (Biologi, Fisika, dan Kimia).  Laboratorium ini seluas 115 m2, laboratorium ini berada di Gedung Laboratorium Ilmu dasar. (5) Laboratorium Bioteknologi dan Budidaya Laut , (6) laboratorium Kartografi,  laboratorium Manajemen Sumberdaya Perairan, dan (7) laboratorium Teknologi Kelautan, ketiga laboratorium ini berapada di gedung laboratorium bersama yang baru saja selesai pembangunannya 2015 ini. Pada tahun ajaran 2015 / 2016 sudah dapat dipergunakan untuk praktik mahasiswa Ilmu Kelautan dan program-program studi baru.

Tempat olah raga

Sarana oleh raga yang ada di Universitas Trunojoyo Madura terdiri dari : (1) Lapangan Bola Volly terdapat 2 unit (satu unit lapangan tanah dan satu unit lapangan semen); (2) Lapangan  Bola Basket terdapat 1 unit; (3) Lapangan sepak bola; (4) Lapangan futsal; (5) Lapangan bulu tangkis indoor terdapat 2 unit yang berapa di gedung serbaguna gedung cakra; dan (6) tempat panjat tebing skala internasional.

Ruang untuk berkesenian

Raung yang khusus dapat dimanfaatkan mahasiswa untuk berkesenian adalah Gedung Student Center, Gedung ini seluas 1.101 m2 yang mampu menampung 200 mahasiswa. Sertifikat gedung ini dengan nomor sertifikat 4549 dan 4551. Gedung ini khusus untuk kegiatan-kegiatan kemahasiswaan dalam melakukan aktifitasnya. Selain itu sarana lain yang juga dapat dimanfaatkan  adalah Hall Gedung Cakra dengan luas 3.654 m2 gedung ini mampu menampung 1000 orang. Sertifikat gedung ini bernomor 648.1/85/433.303/2012. Gedung-gedung inilah yang dapat dipergunakan mahasiswa dalam berkesenian yang ditampung dalam unit-unit aktifitas Mahasiswa, Antara lain : UKM Nanggala, UKM Bising, UKMF Daun, UKMF Fiper.

Ruang Unit Kegiatan Mahasiswa

Ruang unit kegiatan mahasiswa ini terfokus pada 2  lokasi. Lokasi pertama terletak di gedung BEM dengan luas kurang lebih 200 m2. Gedung ini sebagai tempat badan eksekutif mahasiswa (BEM)mulai dari tingkat universitas sampai fakultas.  Sedangkan lokasi kedua berada di gedung Sekertariat bersama, gedung ini seluas 250 m2 yang menampung unit-unit Kegiatan Mahasiswa. Gedung ini baru direnovasi dan diresmikan pada tahun 2014.

Ruang Pimpinan (Dekanium) dan Ketua Program Studi

Ruang kerja pimpinan (Dekanium) dan sekretaris Dekanium menempati Gedung Graha Utama (Gedung 10 lantai) dengan luas 38.440 m2.  Dekanium Fakultas Pertanian Universitas Trunojoyo Madura menempati Ruang di lantai 6.  Ruang tersebut terdiri atas Ruang Dekan, Ruang Wakil Dekan 1, 2 dan 3, Ruang Sekretaris Dekan, Ruang Rapat Pimpinan, dan gudang arsip.

Ruang kerja Ketua program studi dan sekretaris program studi Fakultas Pertanian areal tanah dan bangunan seluas 10.500 m2, satu komplek dengan laboratorium program studi Ilmu kelautan, Teknologi Industri Pertanian, Agribisnis, dan Agroteknologi serta laboratorium ilmu-ilmu dasar.  Ruang kerja ketua program studi di Fakultas Pertanian Universitas Trunojoyo Madura menempati 4 ruang di lantai 2.  Ruang-ruang tersebut terdiri atas Ruang ketua dan sekretaris program studi, selain itu terdapat ruang kerja penjaminan mutu fakultas pertanian, ruang dosen, ruang rapat, ruang tamu dan gudang arsip.

Ruang Dosen dan Pranata Laboran Pendidikan.

Ruang dosen mampu menampung semua jumlah dosen Fakultas Pertanian, saat ini berjumlah 69 orang. Di samping itu ada ruang rapat. Ruang dosen terletak di gedung Fakultas Pertanian Lama. Gedung untuk ruang dosen terdiri dari 2 tingkat dan satu tingkat dengan luas kurang lebih 150 m2. Rata-rata ruang dosen dengan luas 3×4 m2.

Ruang pranata laboratorium pendidikan (PLP) fakultas pertanian berada di dalam masing-masing laboratorium sesuai dengan keahliannya, jumlah PLP di Program studi Ilmu kelautan 2 orang, Program studi Teknologi Industri Pertanian 2 orang, Program studi Agribisnis 1 orang, dan Program studi Agroekoteknologi 4 orang.  Semua PLP yang ada di fakultas pertanian mempunyai ruang kerja di dalam laboratoriumnya masing-masing.

Ruang tata Usaha

Ruang tat usaha Fakultas menempati Gedung Graha Utama di lantai 2 dengan luas 38.440 m2.  Sedangkan ruang tata usaha Fakultas pertanian seluas 300m2.  Keberadaan ruang administrasi yang ketersediannya cukup memadai, sehingga bisa menampung 17 tenaga administrasi.

Media Pendukung

Media pendukung yang tersedia meliputi komputer untuk keperluan administrasi perkantoran, saat ini tersedia sebanyak 10 unit.  Ketersediaan komputer terus ditingkat seiring dengan pembukaan program studi baru dengan berdasarkan pada kebutuhan.  Semua ruang kelas telah dilengkapi dengan seperangkat computer lengkap dengan CD Rom dan LCD, White Board.  Untuk mendukung kegiatan perkuliahan dan/atau kegiatan lainnya, telah tersedia 2 wireless yang dapat dipergunakan sewaktu-waktu.  Tersedia pula sound system yang sangat memadai di ruang seminar besar (Gedung Cakra); ruang seminar sedang (Auditorium), dan ruang seminar kecil (Aula Gedung Graha Utama Lantai 10).  Untuk kenyamanan pada saat perkuliahan berlangsung, disetiap kelas tersedia AC, exhouse fan dan kipas angina sehingga ruangan menjadi sejuk terutama pada saat perkuliahan siang hari yang panas.

Peralatan pendukung praktikum dan penelitian tersedia relative lengkap dan memadai pada semua laboratorium fakultas pertanian.  Sebagian besar peralatan laboratorium merupakan alat fungsional dan masih baru hasil pengadaan tahun 2012 sampai tahun 2014.  Peralatan yang lain walaupun hasil pengadaan tahun-tahun sebelumnya juga masih dalam kondisi terawat dan dapat berfungsi dengan baik.  Peralatan baru yang dimiliki laboratorium ilmu kelautan sebagian merupakan peralatan yang relative istimewa, karena jarang dimiliki oleh perguruan tinggi lain seperti current meter v106 dan PL101, ACDP, Midas DWR, Trimbel, Tade Master, Diving Pamp, Phyto Pamp, COD Meter, BOD Meter dan Spectrofotometer.

Fasilitas Toilet

Saat ini tersedia 15 kamar mandi yang berada di RKB D ( 12 kamar mandi) dan Ruang Kaprodi serta Dosen (3 kamar mandi) yang diperuntukkan bagi mahasiswa dan dosen.  Saat ini kebutuhan kamar mandi (toilet) tersebut sudah sangat mencukupi.  Akan tetapi jumlah toilet akan ditambah seiring dengan jumlah mahasiswa yang akan datang.  Selain itu juga terdapat 24 kamar mandi di laboratorium terpadu (tahap penyelesaian) dan 3 kamar mandi di ruang dekanium dan 2 kamar mandi di ruang staf / karyawan.

Mushola

Saat ini juga telah tersedia 1 ruang Mushola dengan ukuran 5 x 6 meter persegi yang berada di RKB D lantai 2, sehingga dapat dipergunakan mahasiswa dan dosen untuk melaksanakan salat duhur dan/atau ashar apabila mereka tidak sempat pulang atau masih aktif dengan kegiatan kampus.  Selain itu, juga tersedia Mushola yang berada di ruang dosen, staf dan dekanium yang cukup representatif.